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ソースAは<head>から</head>にコピー
ソースBは<body>から</body>のお好きなところにコピーして下さい。
サンプル

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ソースA
<script language="JavaScript">
<!--
function subWin01(){window.open("リンク先のURL","window1","scrollbars=no,toolbar=no,width=窓の横幅を指定,height=窓の縦幅を指定");}
//-->
</script>
ソースB

<A href="javascript:subWin01()">コメント</A>